隐藏能力精灵主要分为几类：特殊进化形态、特殊捕捉方式、高个体值分布以及特定地点出现的稀有精灵。这些精灵往往拥有独特的技能组合或高于普通精灵的基础属性，部分需要通过特殊道具或剧情触发才能获得。掌握这些精灵的获取方式和能力特点，能够显著提升队伍战斗力。
火系隐藏能力精灵集中在火焰山和灯火山区域，火焰鸟作为传说级精灵拥有极高的特攻和速度属性，其隐藏特性火焰之躯能使接触类攻击的对手有概率陷入灼伤状态。灯火山地下层的古拉顿具备地面/火双属性，其干旱特性出场时会将天气变为晴天，大幅强化火系技能威力。此外火红版特有的火烈鸟在火焰山山顶刷新，其火/飞行属性组合在对抗草系和虫系时优势明显。
水系隐藏能力精灵主要分布在双子岛、20号水路及特定垂钓点。急冻鸟作为冰/飞行系传说精灵，其压力特性可加速消耗对手PP值，配合高特防在持久战中表现突出。双子岛深处通过推岩石阻挡急流后出现的冰神柱，拥有极高的防御属性。水君作为水系传说精灵在通关后随机出现在关东地区草丛，其蓄水特性免疫水系伤害并回复体力，是优秀的水系防御核心。
电系隐藏能力精灵以闪电鸟为代表，栖息在无人发电厂深处，其静电特性有概率使接触类攻击的对手陷入麻痹状态。雷公作为电系传说精灵在特定版本中出现，拥有极高的速度属性。发电厂区域还能捕获到携带特殊电系技能的稀有精灵，这些精灵通常具备避雷针或电气引擎等强化电系能力的特性。
超能力系隐藏能力精灵包括超梦和迪奥西斯，超梦栖息在华蓝洞窟最深处，拥有游戏中最高的特攻属性，其紧张感特性阻止对手使用树果。迪奥西斯在第九岛拼图完成后出现，可根据不同形态切换战斗定位。幽灵塔顶层的吉拉奇需要躲避机关才能遇见，其漂浮特性免疫地面系攻击。这些超能力系精灵往往具备改变战局的特殊技能组合。
其他系别的隐藏能力精灵包括岩石系的化石精灵、龙系的迷你龙进化链以及普通系的卡比兽。化石精灵通过月见山获得的化石复活而来，拥有独特的岩石/水或岩石/虫属性组合。卡比兽需要使用宝可梦笛子唤醒，其免疫特性防止陷入中毒状态。这些精灵虽然获取难度较高，但都能为队伍提供特殊的战术价值。合理搭配不同系别的隐藏能力精灵，是通关高难度挑战的关键。
